Shy đã trưởng thành hơn sau khi chiến đấu chống lại Amalareik - tổ chức đối lập với các anh hùng, do cậu bé bí ẩn Stigma cầm đầu. Khi trở về Nhật Bản, cô gặp Ai Tennouji, người đã chạy trốn khỏi ngôi làng ninja của mình. Ai nói với Shy rằng cô ấy đang truy đuổi một thành viên của Amalareik. Trong khi đó, một sự cố xảy ra khiến Tokyo đột nhiên bị một quả cầu đen bao phủ và biến mất. Các anh hùng được cử đi giải cứu Tokyo.